大蒜中天然含有一些含硫化合物、氨基酸和有机酸类物质。这些物质本来是无色的，但在低温和酸性条件下，大蒜中的吡咯基氨基酸类物质与丙酮酸反应生成黄色素，与含硫的烯丙基硫代亚磺酸酯反应生成蓝色素。它们叠加在一起就呈现出绿色。
不过，其中的蓝色色素性质并不稳定，温度略高就容易分解，见光也能加速它的分解，在储藏过程中会逐渐变成黄色。相比而言，黄色素倒是比较稳定，只要处在酸性环境当中，它既不太怕室温的“热”，也不太怕光。所以，放一个月左右的时间之后，腊八蒜的绿色就会从比较鲜明的蓝绿色逐渐变成黄绿色，然后再变成浅黄色。
