1、体积不同：一般蜥蜴体积偏大，而壁虎体积偏小。
2、发声不同：大多数蜥蜴不会发声，而壁虎的不少种类都可以发出宏亮的声音。
3、食物不同：蜥蜴大部分的种类为肉食性，以昆虫、蚯蚓、蜗牛、老鼠等为食，也有以仙人掌或海藻为主食，或者是杂食性动物。壁虎的食性也很杂，主要以活体小昆虫为主，如苍蝇、蚊子、蟑螂、黄粉虫等。
4、科目总称不同：蜥蜴是爬行纲目中所有爬行动物的总称，而壁虎是蜥蜴亚目下壁虎科动物的总称。
5、外观不同：蜥蜴的头顶有或无对称的大鳞，鳞片覆瓦状、常具棱体，多侧扁。而壁虎的头顶无对称排列的大鳞，体背面被粒鳞或疣鳞，体大多扁平，皮肤柔软。
6、尾巴不同：蜥蜴的尾巴长不容易断，尾巴断了之后不能长出来，而壁虎的尾巴容易断，断了会长出来。
