1、调整以矿物燃料为主的能源结构，增加无污染或少污染的能源比例，发展太阳能、核能、水能、风能、地热能等不产生酸雨污染的能源。
2、加强技术研究，积极开发利用煤炭的新技术，推广煤炭的净化技术、转化技术，改进燃煤技术，改进污染物控制技术，采取烟气脱硫、脱氮技术等重大措施。由于二氧化硫是我国酸雨的祸根，国家环保总局已在全国范围对二氧化硫超标区和酸雨污染区进行了严格控制（两控区）。控制高硫煤的开采、运输、销售和使用，同时采取有效措施发展脱硫技术，推广清洁能源技术。
3、加强汽车尾气排放监测，减少废气排放，加快清洁汽车的研究开发和推广应用。我国形成了包括汽车、摩托车、农用运输车和发动机在内的较为完备的排放标准体系，因此，要加强汽车尾气排放监测和控制，减少废气排放。同时，加快使用天燃气、液化石油气、电能等清洁汽车的研究开发和推广应用，杜绝汽车尾气排放减少大气污染。
4、政府职能部门应制定严格的大气环境质量标准，调整工业布局，改造污染严重的企业，加强大气污染的监测和科学研究，及时掌握大气中的硫氧化物和氮氧化物的排放和迁移状况，了解酸雨的时空变化和发展趋势，以便及时采取对策。
5、在酸雨的防治过程中，生物防治可作为一种辅助手段。在污染重的地区可栽种一些对二氧化硫有吸收能力的植物，如垂山楂、洋槐、云杉、桃树、侧柏等。
