审核的基本方法是按操作流程自上而下或自下而上的审核方法、按要素审核的方法、按部门审核的方法、顺藤摸瓜审核方法、现场扫描审核方法。在审核过程中如何抽取文件资料样本、设备型号、工具编号、查证记录、发现问题和获取客观证据，则需根据实际情况和所掌握的审核技术来选择适宜的方法。
1、按操作流程自上而下或自下而上的审核方法：包括自上而下即自原材料生产至最终产品产出，或自下而上即自最终产品产出逆向而上到原材料生产两种方法。
2、按要素审核的方法：指以要素为中心，对该要素所涉及的部门皆进行审核。
3、按部门审核的方法：对该部门所有活动和所涉及的要素一次审核清楚，不反复去该部门调查，然后按要素把该部门审核的结果汇总起来，得出该部门的审核结论。
4、顺藤摸瓜审核方法：是以问题线索为主导，深入追查或核实。审核员先到信息集中的部门进行审核，根据这一部门的有关信息发现体系中可能存在的问题，并就某些信息的落实和实施情况到有关部门进行核查。
5、现场扫描审核方法：现场扫描是以全面观察现场现象为主的审核方法。这种方法是审核员到作业现场后，先对作业现场概况进行扫描，然后抽取一定的样本进行核查。标准的一些要素的要求，如运行控制、检查与纠正措施等，只有通过现场扫描，才能获得客观证据，得出准确结论。
