甲基蓝和亚甲基蓝的区别在于物质不同、用途不同、指示剂反应不同。
1、物质不同：次甲基蓝，甲基蓝的代称，是一种芳香杂环化合物；亚甲基蓝是一种吩噻嗪盐，正电荷不稳定。
2、用途不同：次甲基蓝，被用作生物染色剂，用于动物组织学中原生动物活体、细菌、神经细胞的染色。医用消毒剂；亚甲基蓝广泛应用于化学指示剂、染料、生物染色剂和药物等方面。
3、指示剂反应不同：次甲基蓝，深蓝色粉末。系强酸性染色剂；亚甲基蓝，无水亚甲基蓝是金红色闪金光或闪古铜色光的粉状物，溶于水，酒精，氯仿，不溶于乙醚，其溶液为蓝色。
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