1、性质不同：行政撤职处分是一种行政惩戒措施，属于行政处分的范畴；免职是法定的人事处理种类，不具有惩戒性。
2、条件不同：对于违纪情节严重给国家和人民利益造成重大损失或严重后果的公务员，可以给予撤职处分。免职处理分为两种：一种是免去现任职务，另一种是职务自行免去。免去公务员现任职务的条件有7种：转换职位的；晋升或者降低职务的；离职学习期限超过一年的；因健康原因不能坚持正常工作一年以上的；调出国家行政机关的；退休的；因其他原因需要免职的。职务自行免除的条件有5种：受到刑事处罚或劳动教养的；受到行政撤职或开除处分的；被辞退的；因机构变动失去职位的；死亡的。
3、后果不同：撤职处分的影响：降低一级以上职务，并按新任职务确定相应的级别和工资档次。行政撤职处分期满解除后，不视为恢复原职务、原级别，但以后晋升职务、级别和工资档次不再受原行政撤职处分的影响。免去现任职务，一般不影响级别和工作。职务自行免除，级别和工资肯定要受到影响，有的还会丧失公职、失去工作。
